Les relations entre le Saint-Siège et la France ont évolué de manière complexe entre la campagne d’Italie menée par Bonaparte en 1796-1798 et la chute de l’Empire napoléonien en 1814-1815. Selon le historien Jean-Marc Ticchi, ces relations ont traversé trois phases distinctes.
La première phase est une prise de contact. À l’époque, le cardinal Chiariamonti était évêque d’Imola lorsque le traité de Tolentino a sanctionné la défaite des armées du pape et la perte d’une partie des États pontificaux. Alors que des soldats français étaient pris dans un guet-apens à Lugo, près de son évêché, Chiariamonti est allé en personne implorer la magnanimité du général Augereau. Les Français ont gardé de cet échange initial l’image d’un homme conciliant car contrairement à plusieurs de ses pairs qui se sont enfuis ou ont lancé des anathèmes contre les Français, il est resté et les a reçus. Ce comportement modéré est fondé sur la doctrine paulinienne selon laquelle tout pouvoir vient de Dieu. En l’occurrence, le futur Pie VII en a déduit qu’il fallait se soumettre à la puissance qui détient la souveraineté, c’est-à-dire la France.
Par la suite, le pape Pie VII a connu une captivité difficile sous Napoléon. Il a été emprisonné pendant cinq ans, et est arrivé à Fontainebleau en 1809 gravement malade. Malgré cela, il a fait preuve d’une personnalité bienveillante et déterminée, selon l’auteur de « Pape prisonnier de l’Empereur ». Sa popularité a également embarrassé ses geôliers, qui ont eu du mal à le contenir.
Le 9 juillet 1812, il a été prévenu qu’il quitterait sa prison à Savone pour se rendre en France. Pour éviter qu’il soit reconnu, on l’a habillé en simple prêtre et on lui a teint ses chaussures rouges en noir. Le voyage visait Fontainebleau, car Napoléon voulait installer le Pape à Paris, avec tous les cardinaux et même les archives du Vatican. Cependant, le pape souffrait d’une infection urinaire qui a empiré au cours du voyage, et cela a finalement entraîné sa mort en 1823.
Il est important de noter que cette captivité de Pie VII a eu un impact important sur le monde catholique. Il est devenu un symbole de résistance contre les ambitions de Napoléon de contrôler l’Église catholique romaine et de faire de Paris la capitale de l’Église. Cette captivité a également conduit à une rupture entre l’Empire français et le Saint-Siège, qui a finalement conduit à la chute de Napoléon.